В 1895 г. Ивановский защитил магистерскую диссертацию и был назначен преподавателем физиологи» растений в Петербургском университете и в Технологическом институте.

В 1898 г. он снова вернулся к изучению мозаики табака, посвятив этому вопросу докторскую диссертацию, в которой описал свои исследовании сделал такой вывод: возбудитель мозаики меньше всех уже известных микробов, его нельзя увидеть в микроскоп; размножается он только в живых растениях.

Голландец Бейеринк учил, что возбудитель этот— какое-то живое растворимое заразное начало. Ивановский с ним спорил, настаивая на том, что это — нерастворимое заразное живое начало, обладающее определенными размерами.

Осторожный и добросовестный ученый, он всячески проверяет свои положения. «Может быть, — предполагает Ивановский, — поражающее растения болезнетворное начало проходит через бактериологические фильтры потому, что это просто какое-либо химическое вещество, растворимое в воде». «Но, — отвечает он сам себе, — если бы это было химическое вещество, оно бы не размножалось. Можно было бы заразить этим соком одно поколение, два. Но ведь заразное начало возобновляется в растениях неограниченное число раз, оно в них размножается. Одной каплей сока больного растения можно заразить десятки и сотни других растений, а взявши одну каплю вновь заболевшего, можно раз за разом вызвать заболевание новых сотен растений, перенося заразный сок от одного к другому. Это доказывает, что заразное начало — размножается. С другой стороны, сок больного растения можно освободить от заразного начала; для этой цели сок больного растения надо пропустить через фильтры с еще меньшими порами. Значит возбудитель все-таки имеет какую-то величину, он обладает телесностью, объемом. Наконец, его можно убить теми же веществами, которые убивают живых бактерий».